Система позволяет оценивать не только интенсивность, но и пространственное расположение флуоресцентных меток внутри клетки с чувствительностью, превосходящей чувствительность классических проточных цитофлуориметров. Прибор обладает большой гибкостью в выборе опций, а благодаря высокой производительности позволяет получить статистически достоверные результаты даже при работе с обеднёнными субпопуляциями клеток.

Использование микроскопа-цитофлуориметра даёт большие преимущества при изучении клеточных взаимодействий, циркулирующих раковых клеток, фагоцитоза, апоптоза и аутофагии и при проведении многих других исследований в области биологии клетки.